ja sie nie spotkałem szczerze mówiąc, w art. 40a jest wszystko...
w tym kontekscie trzeba by zapytać co to są "Wody Polskie" i jak prowadzą swoją działalność, czy to podmiot pozytku publicznego albo np. prowadzący działalność naukową?

różne przypadki o których piszesz dotyczą tylko różnych interpretacji tego samego przepisu przez róznych naczelników PODGiK, znam osobiscie kilka przypadków gdzie z np. Wodociagami Miejskimi jedne ośrodki walczą o opłaty a inne kapitulują na wstępie, mając pismo z tychże Wodociągów o tym, że firma z racji wykonywanych usług dla ludności jest wlasnie podmiotem pożytku publicznego